Después de 1487, Málaga experimenta cambios importantes en su trazado urbano. Se abre un eje longitudinal al que se añade otro transversal, en sentido noroeste-suroeste, cruzándose ambos en la "Plaza de las cuatro calles", luego Plaza Mayor de la ciudad. Las transformaciones más profundas tienen lugar en la mitad meridional, donde la apertura de la calle Nueva permite enlazar la mencionada plaza con la Puerta del Mar. En el cabildo celebrado el primero de julio de 1.489, se acordó delimitar el ámbito de las cuatro colaciones o parroquias en que debía dividirse la ciudad y se nombraron algunos miembros del Concejo, para que, en unión del repartidor Francisco de Alcázar y del Provisor del Obispado, efectuasen dicha demarcación y repartiesen los feligreses entre aquéllas. Estas cuatro parroquias estarían bajo la advocación de Santa María, Santiago, Los Mártires y San Juan, y estarían relacionadas con las principales puertas de la ciudad. La de Los Santos Mártires fue una de las cuatro parroquias instituidas en la ciudad a partir de 1.505.

        LA IGLESIA PARROQUIAL

        Aunque la tradición sitúa la fundación en 1.490, el documento de este hecho data del 21 de diciembre de 1.491 y no se levantó utilizando una de las mezquitas de la ciudad sino completamente nueva desde los cimientos dejando la Reina Católica en su testamento la considerable cantidad de 100.000 maravedíes legados a título de limosna para su construcción, cantidad que no pudo hacerse efectiva hasta 1.515. La parroquia fue erigida en 1.505 por el Arzobispo de Sevilla D. Diego de Deza y confirmados sus privilegios por el obispo Ramírez Villascusa de Haro en 1.510.

        La primitiva iglesia sería en su origen sería una iglesia gótico mudéjar de arcos apuntados, mucho más pequeña. La realización de las naves, capilla mayor y sacristía fue llevada a cabo en 1.519 por el alarife Juan Rodríguez.

        Las referencias documentales nos indican que las obras de la primitiva iglesia se cubrieron en 1.519, al contratarse la ejecución de una armadura de madera cubierta al exterior con tejado de teja a dos aguas. Esta armadura es mudéjar de lazo, que ha quedado oculta bajo la bóveda barroca que hoy vemos, pero es posible observar por un registro del tejado. Fue esta Iglesia la primera que eligió el Obispo y Cabildo de la Catedral para realizar la procesión de las Letanías, cada 25 de abril, el día de S. Marcos Evangelista.

        Puesto que la iglesia se levantó completamente nueva desde los cimientos, provisionalmente se utilizó para los servicios parroquiales la ermita de San Sebastián, situada en la Plaza Pública, que fue en algún tiempo su Ayuda de Parroquia. Se tienen noticias de que en las últimas décadas del s. XVI ya se celebraban actos religiosos en sus altares. Lo que hace pensar que no debió tardarse mucho en su edificación.

        El lugar elegido para el emplazamiento de la iglesia, muy próximo a la muralla de la ciudad, no fue quizá el más adecuado por las corrientes subterráneas de agua que habrían de afectar a la cimentación. El ámbito de la parroquia abarcaba la zona occidental hasta lo que será Puerta Nueva y su Ayuda de parroquia fue desde 1.642, la iglesia de San Pablo.

         Los nobles, muchos de los cuales vivían en otras provincias españolas, contaban con propiedades ubicadas en las calles más importantes, que generalmente tenían una gran superficie y elevadas rentas. Como mínimo tenían un patio, contando las más importantes con dos. Solían hacer esquina a dos calles, dando su fachada principal a la más importante. En su interior, distribuido en dos y hasta tres plantas, abundaban las habitaciones y contaban con portal, zaguán, bodegas, corrales, caballerizas, pajares, cocinas, despensas, fuentes con agua corriente, tonelera, comedores, capilla privada, galerías y torre mirador.

        En esta parroquia tendrían casas principales grandes propietarios como, el Marqués del Vado del Maestre, D. Francisco de Córdoba, Laso de la Vega, Pacheco y Portocarrero, cuyas posesiones se situaban en la calle del Agua o de San Buenaventura, en la plazuela del Vao y en la calle de la Gloria. El conde de Miraflores poseía una casa principal en la calle de Los Mártires y los Sres. Del Deán y Cabildo eran propietarios de numerosas viviendas en varias calles de esta parroquia tales como calle del Agua, Pozos Dulces, Los Mártires y Santa Lucia. También se encontraba en el área de Los Mártires el Colegio de S. Telmo, parroquia personal para alumnos y personas de la plantilla laboral. Su templo era el Sto. Cristo.

         En total el número de casas de la colación de Los Santos Mártires era de 1.242, ocupando uno de los primeros puestos en número de casas por parroquia. El cementerio o cripta funeraria de la parroquia de los Mártires abarcaba una extensión ante toda la fachada principal y la rodeaba por el lado de la torre llegando hasta la capilla siguiente a la puerta lateral, por lo que los dos accesos a la iglesia debían realizarse a través del cementerio, lo cual no era excepcional en esta época. Además esta iglesia contaba con capillas funerarias particulares para los más pudientes como la del converso Rodrigo Álvarez de Madrid atestiguada por una lápida en la nave lateral izquierda.

         Esta parroquia además contaría con numerosos objetos de culto y retablos, un ejemplo es el retablo que Juan Bautista Vázquez realiza en 1.563 para doña Isabel Dalbo, esposa del Regidor Juan Contador, primer contacto del escultor con la ciudad.

        En el año 1.680 hubo un gran terremoto que provocó el hundimiento de 379 casas de esta parroquia y que otras 788 resultasen muy dañadas.