Pronto comenzaron a surgir los problemas. Las obras no se ejecutan desde una idea de conjunto engarzándose entre sí los distintos elementos y reforzando los comunes sino que se fueron produciendo como adiciones tras adiciones, l oque provocó que los elementos sustentadores mas antiguos no soportasen el mayor peso añadido, especialmente la nave, constituyendo esto una de las causas de la ruina posterior del templo.

        Ya desde mediados del s. XIX tuvieron lugar una serie de calamidades: desplome de la cornisa y parte del techo en enero de 1.854; destrucción de la capilla del Sagrario por una bala de cañón en enero de 1.869; una chispa eléctrica que cayó el 3 de marzo de 1.870 que destrozó en parte la torre, baptisterio y archivo; el terremoto de 1.884; la inundación de 1.907; etc…, que hizo que hacia 1.925 el templo tuviese un serio problema de amenaza de ruina. Así en este año, y al no haberse en su día reforzado los pilares que sustentaba la gran bóveda y cúpula actual, el pilar derecho del arco toral sufre un aplastamiento a causa del enorme peso que soporta, por lo que el arco evidenció un notable vencimiento hacia su parte derecha.

        En 1.930 se decidió apuntalar los elementos ruinosos, construyéndose de nueva base, entre otras actuaciones, el primer pilar de debajo del coro. En este estado sobrevinieron los saqueos y asaltos de 1.931 con la quema de iglesias, teniendo que lamentarse las pérdidas de su importante archivo, la destrucción del coro bajo, la desaparición de todos los cuadros e imágenes que allí había, entre ellas la famosa Dolorosa, de Pedro de Mena, destrozada a palos, las imágenes de los Santos Patronos San Ciriaco y Santa Paula, destruidos por el fuego o la decoración del templo que quedó destrozada, hechos que se repitieron en 1.936 y su posterior conversión en taller de Intendencia.

        A partir de 1.938 comenzó el período de restauración con la sustitución de los pilares inmediatamente posteriores a los del arco toral por otros nuevos de ladrillo, y para los que fue conservada la cimentación de los antiguos. El periodo más importante es el de 1.942-45 que es cuando se realizan las obras de reparación del pilar derecho del arco toral y de la decoración de la iglesia, afectando esta última únicamente a la parte de la cabecera, ya que el resto de la iglesia quedó sin terminar por carencia de medios económicos.

        El 10 de febrero de 1.945 se acomete la última etapa de las obras y para el 2 de diciembre del mismo año queda inaugurado el templo aunque las obras continuaron hasta 1.947. El deterioro que presentaba la bóveda de la nave central, especialmente en la parte correspondiente al coro, recomendó en un principio su eliminación, pensándose en dejar al descubierto el artesonado; sin embargo al resistir la bóveda los primeros trabajos efectuados para su demolición y apreciarse el mal estado en que se encontraba el artesonado, se optó por su conservación.

        De entre las personas que colaboraron en esta restauración de la iglesia de los Santos Mártires, hay que destacar a dos artistas malagueños, Pedro Pérez Hidalgo y Antonio García, autores de diversos retablos y tronos de Semana Santa, que fueron los encargados de la reparación de los destrozos producidos en la decoración de la iglesia por los sucesos de 1.931. Para la reconstrucción de todo lo destruido, particularmente de la cabecera, resultó de enorme utilidad una serie de fotografías estereoscópicas tomadas entre 1.920 y 1.930 por el Sr. Ruiz del Portal.

        Con su nueva disposición y los motivos iconográficos, tiene una doble significación ya que responde a un programa martirial, con referencia a los santos patronos y también sacramental, en honor del Santísimo Sacramento, que presidía la iglesia desde el baldaquino central.

        Entre 1.999-2.001 se realizó una restauración de la iglesia centrado en la cubierta sobre el crucero y la nave central. Tras esta intervención se aseguró la impermeabilización de una parte importante del templo, aunque seguía siendo necesaria una obra de más envergadura.

        Entre 2.006-2007 las obras efectuadas fueron las de recuperar la fachada, limpiar la torre y mejorar las cubiertas de las capillas, que estaban pendientes de arreglo. Una de las labores fue la de quitar el enfoscado que recubría la torre y la fachada de la iglesia que se había aplicado en los años 60. Con esta actuación en la torre se permitió descubrir dos partes: la más baja construida con la técnica del aparejo castellano y que corresponde a la torre primitiva y el segundo cuerpo, que es de fábrica de ladrillo y donde se aprecian restos de pigmentos de color óxido rojo, al igual que el descubierto en la fachada, típico en edificios civiles y religiosos del barroco. Precisamente la fachada es la que tiene una imagen más espectacular, ya que se descubrió un enfoscado de estuco de cal al que se le marcaban el dibujo del ladrillo que luego se pintó con el color de óxido rojo que se puede apreciar. Esta técnica permitía unificar el tamaño de los ladrillos.

        Las constantes restauraciones de la iglesia se hacen necesarias debido al deterioro continuo que las humedades por absorción desde los cimientos vienen produciendo en muros y pilares, y por tanto en las decoraciones que sustentan. El grado de humedad es tan alto que destruye en poco tiempo las renovaciones de decoración que las cofradías y la propia parroquia pacientemente reponen.